Quinto de oito filhos nascidos em Xixón e Isabel García Marcos López-Rico; três de seus irmãos entraram em ordens religiosas. Quando criança, ele foi tão atraído para seguir o exemplo dos santos que ele quase morre de fome e pôs em perigo sua saúde tentando viver uma vida ascética. Aos 15 anos conheceu Santa Teresa de Ávila, que o deixou fascinado com os carmelitas. Estudou com os carmelitas em Almodóvar, Espanha, e depois em seminários em Baeza e Toledo. Juan se juntou aos trinitários em 28 de junho de 1580, e fez sua profissão em 29 de junho de 1581. Ordenado ao sacerdócio em 1585. Em 20 de agosto de 1599, recebeu a aprovação do Papa Clemente VIII para iniciar uma reforma dos trinitários; baseou seus esforços no exemplo de Santa Teresa de Ávila e da Regra original da Ordem que exigiu seis horas de oração por dia. Além de reformar casas existentes, ele fundou mais mosteiros que seguiram esta nova forma revigorada. Escritor propício sobre teologia.