A segunda de sete crianças nascidas em Pierre-Antoine Bays e Josephine Morel, ela cresceu em uma família de fazendas piedosa. Mulher leiga ao longo da vida na arquidiocese de Lausanne, Suíça, ela se apoiou como uma costureira e costureira. Ela nunca se casou, mas se dedicou a si mesma e a sua vida a cuidar dos povos de sua paróquia e cidade especialmente doentes, crianças, jovens mulheres e pobres. Marguerite era conhecida por uma profunda vida de oração, devoção a Nossa Senhora, e por longos períodos de adoração eucarística. Ela se juntou aos franciscanos seculares em 1860. Marguerite desenvolveu câncer intestinal aos 35 anos, pediu a intercessão da Bem-Aventurada Virgem Maria, e foi milagrosamente curada em 8 de dezembro de 1854, o dia em que o Beato Papa Pio IX declarou o dogma da Imaculada Conceição. Após a cura, cada sexta-feira Marguerite experimentaria um período de paralisia durante o qual reviveria a Paixão de Jesus. Ela recebeu o estigmata.