Nascido em uma família cristã, seus pais eram catequistas e ambos morreram como mártires. Thomas frequentou uma escola jesuíta em Arima, Japão, e quando sentiu um chamado à vida religiosa, continuou seus estudos em Macau. Em 1622 foi para Manila, Filipinas para estudar, e lá se juntou aos agostinianos, fazendo sua profissão em 1624. Estudou teologia em Cebú, Filipinas, e foi ordenado sacerdote. O padre Thomas voltou ao Japão em 1631 para ministrar aos cristãos durante uma perseguição imperial. Autoridades que não realizaram sua vocação o deixaram visitar prisioneiros cristãos, muitos dos quais eram missionários. Quando o governo percebeu que estava conduzindo um ministério para eles, ele foi forçado a fugir e viveu por um tempo em uma caverna, o assunto de uma intensa caça ao homem. A partir daí, ele usou disfarces, truques e o nome Kintsuba para ministrar aos cristãos na região por anos até finalmente apanhado, torturado por meses, ordenou repetidamente denunciar o cristianismo, e quando não o faria, ele foi executado. Martyr.